آزمایش PCR جدید می تواند تمام انواع کووید-19 را در یک نمونه بیمار مثبت شناسایی کند

محققان در مجله The Journal of Molecular Diagnostics گزارش می دهند که سنجش Rutgers-RP RT-PCR می تواند به سرعت و به راحتی تصمیمات مربوط به خط مشی بهداشت عمومی و درمان را برای بیماران منفرد مطلع کند و می تواند به سرعت انواع جدیدی مانند omicron را تشخیص دهد.

پس از شروع همه‌گیری SARS-C0V-2، محققین ResearchPath LLC و همکارانشان در دانشگاه راتگرز به سرعت منابعی را برای توسعه آزمایش‌های دقیق و قابل اعتماد COVID-19 اختصاص دادند. با ظهور انواع مختلف، آنها یک آزمایش PCR ایجاد کردند که از ساختار های مولکولی نه تنها برای تشخیص عفونت COVID-19، بلکه برای شناسایی نوع خاصی که باعث آن عفونت می شود، استفاده می کند. تحقیقات آنها در مجله تشخیص مولکولی توسط الزویر منتشر شده است. روش آنها به طور آشکار در دسترس است به طوری که می توان آن را توسط هر دستگاهی که می تواند آزمایش PCR را اجرا کند، تکرار کرد.

فوق‌العاده است که می‌بینیم SARS-CoV-2 یک عفونت یکپارچه با مجموعه‌ای از ویژگی‌های بالینی قابل پیش‌بینی نبود، بلکه یک بیماری همیشه در حال تکامل است که سویه‌های مختلف برای آن ویژگی‌های بالینی منحصربه‌فردی ایجاد می‌کنند که بر روی آزمایش و علائم آن تأثیر می‌گذارد. می‌توان به سیستم‌های عضو حمله کرد.

شناسایی سویه های خاص اطلاعات مهمی مانند طول دوره کمون، طول دوره مسری، قابلیت انتقال، بیماری زایی و حتی تغییرات در علائم غالب را نشان می دهد.

اطلاعات مربوط به انواع سویه ها عموماً توسط جامعه بین المللی یا چند کشور با جمعیت زیاد که توالی یابی ژنتیکی را انجام می دهند، گزارش می شود. توالی یابی عمیق مورد نیاز برای شناسایی سویه های SARS-CoV-2 دقیق است و می تواند هر جهش موجود در یک نمونه را شناسایی کند، اما پرهزینه، کند و به تجهیزات تخصصی نیاز دارد. با این حال، دانش نوع سویه اطلاعات مهمی را برای متخصصان بهداشت عمومی، سیاست گذاران و افراد فراهم می کند.

اشلی هیل، MD، ResourcePath LLC، استرلینگ، ویرجینیا، ایالات متحده، محقق همکار، گفت:

دانستن از اینکه یک سویه بسیار مسری و خطرناک در یک جامعه محلی در حال ظهور است، تست Rutgers-RP RT-PCR می‌تواند به سیاست‌گذاران اطلاع دهد تا اقدامات ایمنی را برای محدود کردن شیوع آن آغاز کنند. همچنین می تواند به عنوان یک سیستم هشدار اولیه برای سیستم های مراقبت های بهداشتی که نیاز به برنامه ریزی برای افزایش ویزیت های اورژانس و مراقبت های ICU دارند، عمل کند. دانستن اینکه کدام سویه فرد را آلوده کرده است نیز می تواند به تعیین اینکه کدام درمان مفیدتر است کمک کند.

راتگرز با استفاده از پروب‌های PCR بلادرنگ طراحی‌شده توسط دانشگاه راتگرز و قبل تر در سراسر جهان برای مقاصد مختلف استفاده می‌شد، سنجش Rutgers-RP RT-PCR را برای شناسایی جهش‌هایی در SARS-CoV-2 طراحی کرد که نشان داده شده است فرار ایمنی را افزایش می‌دهد و از خنثی‌سازی جلوگیری می‌کند، و قابلیت انتقال را افزایش می دهد. آنها پیشگام استفاده از فانوس های مولکولی برای شناسایی جهش های ژنتیکی خاص بودند. فانوس های مولکولی مولکول هایی به شکل سنجاق مو هستند که می توانند به گونه ای طراحی شوند که به صورت انتخابی به یک توالی جهش یافته خاص متصل شوند و از توالی های نوع وحشی که اغلب با یک نوکلئوتید متفاوت هستند اجتناب کنند.

9 جهش برای آزمایش انتخاب شدند و چراغ برای هر کدام دارای رنگ های متفاوتی است. هر گونه اصلی نگران کننده – آلفا، بتا، گاما، دلتا و اومیکرون – ترکیب منحصر به فردی از این جهش ها را دارد. و هنگامی که فانوس به مولکول هدف خود متصل می شود، رنگ متمایز آن را می توان با سنجش تشخیص داد.

هر چراغ به صورت جداگانه آزمایش شد تا ویژگی آن به جهش اختصاص داده شده تأیید شود. سپس، بیکن ها در یک سنجش مالتی پلکس ترکیب شدند و با RT-PCR روی 26 نمونه بیمار مبتلا به SARS-CoV2 مثبت که قبلاً آزمایش شده بودند و با توالی یابی عمیق شناسایی شده بودند، آزمایش شدند. دو نمونه به عنوان واریانت آلفا، دو نمونه به عنوان واریانت اپسیلون و هشت نمونه به عنوان واریانت دلتا شناسایی شدند. سنجش مالتی پلکس با نتایج حاصل از توالی یابی عمیق، با حساسیت و ویژگی 100 درصد مطابقت کامل داشت.

محققان گزارش می دهند که این آزمایش نیز بسیار سازگار است. زمانی که omicron ظهور کرد، محققین توانستند در کمتر از یک ماه یک فانوس طراحی کنند تا جهشی را شناسایی کنند که منحصر به omicron است و برای فرار سیستم ایمنی مهم است. محققین نوع omicron را در 17 نمونه از 33 نمونه بیمار دیگر که قبلاً آزمایش شده بودند شناسایی کردند و نتایج 100٪ موافق بودند.

رایان جی دیکدان، نویسنده ارشد این مقاله، BS، موسسه تحقیقات بهداشت عمومی، دانشکده پزشکی نیوجرسی، گفت:

ابزارهایی که ما برای ردیابی و شناسایی انواع جدید ایجاد کردیم برای این بیماری همه گیر و برای هر ویروس یا پاتوژن پیش بینی نشده ای که ممکن است در آینده ایجاد شود مفید خواهد بود.

کار ویروس SARS-CoV-2 هنوز با ما تمام نشده است. محققین گفتند که ما شدیداً به یک سیستم نظارتی جهانی برای سویه‌های نوظهور اجتناب‌ناپذیر که می‌توانند مسری‌تر یا کشنده‌تر باشند، نیاز داریم. آزمایش نوع Rutgers-RP RT-PCR می‌تواند به طور گسترده در آزمایشگاه‌های سراسر جهان در حال حاضر برای نظارت بر همه انواع شناخته‌شده مورد استفاده قرار گیرد. این سنجش با مجموعه‌های پرایمر/کاوشگر جدید برای هر گونه مهم جدیدی که ظاهر می‌شود به‌روزرسانی می‌شود.

مرجع: “آزمون‌های PCR چندگانه برای شناسایی همه انواع سندرم حاد تنفسی اصلی کروناویروس 2” توسط رایان جی. دیکدان، سالواتور AE ماراس، آماندا پی فیلد، آلیشیا براونلی، الکساندر سیرونی، دی. اشلی هیل و سانجی تیاگی، 1 فوریه 20 ، مجله تشخیص مولکولی.
DOI: 10.1016/j.jmoldx.2022.01.004